Με απόφαση του Περιφερειάρχη Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης κ. Χρήστου Μέτιου, το έργο της αναβάθμισης του Αρχαιολογικού Μουσείου Σαμοθράκης, προϋπολογισμού 1.642.970 ευρώ, θα χρηματοδοτηθεί από το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα της Περιφέρειας ΑΜΘ 2014-2020.
Το έργο, το οποίο εντάσσεται στην Ολοκληρωμένη Χωρική Επένδυση (ΟΧΕ) Πολιτιστικής Διαδρομής Εγνατίας Οδού, προβλέπει τις απαραίτητες εργασίες και προμήθειες ώστε να ολοκληρωθεί η επανέκθεση του Μουσείου και να καταστεί αυτό πλήρως λειτουργικό.
Ειδικότερα, θα εγκατασταθούν νέες προθήκες και συστήματα φωτισμού, θα γίνουν αρχιτεκτονικές αποκαταστάσεις σε διάφορες αίθουσες του Μουσείου, θα τοποθετηθούν νέοι αποθηκευτικοί χώροι, θα δημιουργηθούν ψηφιακές εφαρμογές στον εκθεσιακό χώρο, θα γίνει η αρχαιολογική τεκμηρίωση των εκθεμάτων και η παραγωγή του πληροφοριακού υλικού που προορίζεται για τους επισκέπτες (οδηγός μουσείου, μεταφράσεις κειμένων, εποπτικό υλικό κτλ.)
Με την ολοκλήρωση του έργου, οι εκθεσιακοί και οι αποθηκευτικοί χώροι του Μουσείου θα παραδοθούν πλήρως εξοπλισμένοι και λειτουργικοί.