Σύμφωνα με τις τελευταίες οδηγίες της Κτηνιατρικής Υπηρεσίας της Π.Ε. Έβρου για το σφαγείο Σαμοθράκης ισχύουν τα παρακάτω:
1. Επιτρέπεται η σφαγή για τα ζώα τοπικής προέλευσης
2. Επιτρέπεται η σφαγή και η έξοδος από το νησί ΜΟΝΟ σφακτων ζώων (δηλαδή κρέατος) υπό την προϋπόθεση ότι ο μεταφορέας εκτός του οχήματος - ψυγείου πρέπει να διαθέτει φορητή συσκευή απολύμανσης τουλάχιστον 15 λίτρων με βιοκτόνο απολυμαντικό τύπου 3 και εφόσον προηγηθούν οι προβλεπόμενες απολυμάνσεις πριν την είσοδο και κατά την έξοδο από το πλοιο.
3. Επιτρέπεται η μεταφορά στο νησί ζωοτροφών τύπου χορτονομής μόνο από Περιφερειακές Ενότητες που δεν αντιμετωπίζουν πρόβλημα αλλά όχι από την Περιφερειακή Ενότητα Έβρου.