Η Σαμοθράκη αποτελεί ένα μέρος της Θράκης, το οποίο είναι άγνωστο στο ευρύ κοινό, παρά τη μεγάλη προσφορά του στον ελληνικό και παγκόσμιο πολιτισμό, από την αρχαιότητα μέχρι σήμερα.
Το νησί ήταν ένας χώρος, μία ολόκληρη φιλοσοφία της ζωής, μία αντίληψη για το ζωή των ανθρώπων. Η ανάπτυξη της Σαμοθράκης και τα «Σαμοθραείκια τείχη», οι πόλεις που δημιούργησε στα απέναντι Θρακικά παράλια, τα Καβείρια Μυστήρια, η έλευση του Απόστολου Παύλου στο νησί ως πρώτου ευρωπαϊκού εδάφους, και φυσικά η Νίκη της Σαμοθράκης, είναι μερικά από τα δεδομένα, για τα οποία είναι γνωστή η Σαμοθράκη. Το νησί όμως έχει και μία πτυχή της ιστορίας της, άγνωστη και λησμονημένη.
Η Σαμοθράκη από το 1459 ήταν υπόδουλη με έντονη την οθωμανική παρουσία. Την κήρυξη της επανάστασης στη Σαμοθράκη από τα μυημένα μέλη στη Φιλική Εταιρεία, ακολούθησε ο γενικός ξεσηκωμός των Ελλήνων. Η αντίδραση από τους Οθωμανούς ήρθε το Σεπτέμβριο του 1821, την 1η του μηνός, την «πρωτοσταυρινιά» όπως λένε οι ντόπιοι, όταν αποβιβάστηκαν δύο χιλιάδες στρατιώτες. Η καταστροφή ήταν ολοκληρωτική. Η Σαμοθράκη μετατράπηκε σε κέντρο λεηλασίας, ζώνη θανάτου και ερείπια και το νησί έμεινε ακατοίκητο για έξι χρόνια.
Η Σαμοθράκη από το 1459 ήταν υπόδουλη με έντονη την οθωμανική παρουσία. Την κήρυξη της επανάστασης στη Σαμοθράκη από τα μυημένα μέλη στη Φιλική Εταιρεία, ακολούθησε ο γενικός ξεσηκωμός των Ελλήνων. Η αντίδραση από τους Οθωμανούς ήρθε το Σεπτέμβριο του 1821, την 1η του μηνός, την «πρωτοσταυρινιά» όπως λένε οι ντόπιοι, όταν αποβιβάστηκαν δύο χιλιάδες στρατιώτες. Η καταστροφή ήταν ολοκληρωτική. Η Σαμοθράκη μετατράπηκε σε κέντρο λεηλασίας, ζώνη θανάτου και ερείπια και το νησί έμεινε ακατοίκητο για έξι χρόνια.
Εφτακόσιοι από τους κατοίκους που είχαν καταφύγει στα βουνά, οι Οθωμανοί τους έφεραν πίσω με δόλο δίνοντάς τους την εντύπωση ότι θα τους δώσουν χάρη. Όμως στην τοποθεσία «Εφκάς» στο κάστρο της πρωτεύουσας, της Χώρας, τους δολοφόνησαν όλους.Από τη μαζική αυτή δολοφονία, επέζησαν σύμφωνα με μαρτυρίες ξένων περιηγητών και του Σαμοθρακίτη ιερέα Γ. Μανωλάκη από 25 έως 30 οικογένειες, οι οποίες ζούσαν τα επόμενα χρόνια σε άθλια κατάσταση. Σημαντική μαρτυρία για το ολοκαύτωμα αποτελεί το έργο του Ίωνος Δραγούμη «Σαμοθράκη», ο οποίος διέσωσε το συμβάν, αλλά και την αναφορά για το τρυπημένο Ευαγγέλιο της εκκλησίας της Παναγίας στη Χώρα, το οποίο φυλάσσεται στο Εθνολογικό Μουσείο. Όσοι σώθηκαν από τους 15.000 περίπου κατοίκους πουλήθηκαν σαν σκλάβοι.
Σημαντική παράμετρος του Ολοκαυτώματος αποτελεί και ο βίαιος εξισλαμισμός πολλών Σαμοθρακιτών, που κατέληξαν όπως αναφέραμε δούλοι. Πέντε από τους επιζώντες του Ολοκαυτώματος γύρισαν το 1837 στη Σαμοθράκη και επέστρεψαν στην αρχική τους πίστη. Για αυτό το λόγο βασανίστηκαν και θανατώθηκαν στην απέναντι Θρακική ακτή όπου μεταφέρθηκαν στο χωριό Μάκρη της Αλεξανδρούπολης. Η μνήμη τους τιμάται την Κυριακή του Θωμά και αποτελούν τους πέντε Νεομάρτυρες (Μανουήλ Παλογούδας, Μιχαήλ Κύπριος, Θεόδωρος Δημ. Καλάκου, Γεώργιος Κουρούνης και Γεώργιος), τα λείψανα των οποίων υπάρχουν στην εκκλησία της Παναγίας στη Χώρα και στις εικόνες στις εκκλησίες του νησιού απεικονίζονται με φουστανέλες ή με τη Σαμοθρακίτικη νησιώτικη βράκα.
Το Ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης παρέμεινε άγνωστο και η τυπική αναφορά στη θυσία των κατοίκων της στην εθνική παλιγγενεσία, αναγνωρίστηκε από την Ακαδημία των Αθηνών μόλις το 1980. Την καταστροφή της Σαμοθράκης την απεικόνισε πολύ χαρακτηριστικά ο Γάλλος Αύγουστος Βινσόν (Αuguste Vinchon) ο οποίος λίγο αργότερα ζωγράφισε ένα πίνακα με θέμα τη σφαγή της Σαμοθράκης, που βρίσκεται στο Λούβρο
Το Ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης αποτελεί μία άγνωστη πτυχή της ελληνικής ιστορίας και βεβαίως της της Θρακικής ιστορίας και οφείλουν οι χιλιάδες επισκέπτες του νησιού να το γνωρίσουν και οι αρκετοί ερευνητές που ασχολούνται με αυτό, να το αναδείξουν περισσότερο. Το οφείλουμε στους νέους ανθρώπους που θυσιάστηκαν την 1η Σεπτεμβρίου του 1821 για την Ελευθερία .
