Η σφοδρή θεομηνία, που εκδηλώθηκε στις 25 Σεπτεμβρίου 2017 προκαλώντας ανυπολόγιστες ζημιές στο νησί, έπληξε και τον πύργο προκαλώντας την κατάρρευση του δυτικού τοίχου του θέτοντας σε κίνδυνο την στατικότητα ολοκλήρου του κτίσματος.
Ας σημειωθεί ότι από το 2017 έως το 2019 δεν ελήφθη κανένα μέτρο για την προστασία του μνημείου. Τον Ιούλιο 2020 ολοκληρώθηκε από την Διεύθυνση Αναστήλωσης Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων ο διαγωνισμός για την ανάθεση της μελέτης «Επείγουσες εργασίες στερέωσης- αποκατάστασης του Πύργου του Φονιά» με ορίζοντα ολοκλήρωσης τον Δεκέμβριο 2020.
Η Υπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού Λίνα Μενδώνη πραγματοποίησε αυτοψία στον Πύργο του Φονιά συνοδευόμενη από τον Διευθυντή Αναστήλωσης Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων Θεμιστοκλή Βλαχούλη, την Έφορο Αρχαιοτήτων Έβρου Δόμνα Τερζοπούλου και την αρμόδια τμηματάρχη Λίλα Σαμπανοπούλου.
Μετά από συνεννόηση με τον Γενικό Γραμματέα Υποδομών Γιώργο Καραγιάννη, η Υπουργός έδωσε οδηγίες να μελετηθεί σε συνεργασία και με στελέχη του Υπουργείου Υποδομών και Μεταφορών η δυνατότητα κατασκευής τεχνικού έργου στην κοίτη του χειμάρρου και σε ικανή απόσταση από το μνημείο. Σε συνεργασία της κ. Μενδώνη με τον Περιφερειάρχη Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης Χρήστο Μέτιο το έργο της αποκατάστασης του Πύργου του Φονιά δρομολογείται για ένταξη στην ΟΧΕ του ΠΕΠ Ανατολικής Μακεδονίας-Θράκης 2014-2020.
Παράλληλα, η Υπουργός ζήτησε από την Εφορεία Αρχαιοτήτων να μεριμνήσει ώστε και οι υπόλοιποι γενοβέζικοι πύργοι του νησιού, οι οποίοι συνέθεταν το αμυντικό σύστημα του νησιού, να καταστούν και πάλι επισκέψιμοι –μετά το 2017- για το κοινό.
