Στην προηγούμενη προγραμματική περίοδο που η παράτασή της έληξε 31.12.2015 (Προηγούμενο ΕΣΠΑ) υλοποιήθηκαν στη Σαμοθράκη από την Αρχαιολογική Υπηρεσία πολύ σημαντικά έργα (Αρχαιολογικός χώρος Παλαιάπολης, Κάστρο Χώρας, Κτίριο Μουσείου, Μονή Χριστού) Δεν περιλαμβάνονταν σ΄ αυτά το έργο της εσωτερικής οργάνωσης του Μουσείου (επανέκθεση)
Για το έργο αυτό απαιτούνταν οι σχετικές μελέτες και άδειες (ωρίμανση) και η ύπαρξη μέτρου χρηματοδότησης. Η Αρχαιολογική Υπηρεσία με πολύ μεγάλη προσπάθεια παρά την έλλειψη τεχνικού προσωπικού ολοκλήρωσε όλες τις απαραίτητες ενέργειες και σε συνεργασία με την ΠΑΜΘ κατέθεσε σχετικό φάκελλο στο μέτρο Ο.Χ.Ε ΕΓΝΑΤΙΑ του νέου ΕΣΠΑ 2014 -2020.
Η απόφαση ένταξης του έργου με ΑΔΑ: 6Θ1Χ7ΛΒ-ΝΓ4 βγήκε στις 24.05.2018 με συνολική χρηματοδότηση 1.642.970,00 ευρώ. Από το χρονικό αυτό σημείο και πέρα οι διαδικασίες εξελίσσονται χωρίς καμία καθυστέρηση και ήδη από το περασμένο χειμώνα το έργο υλοποιείται. Περιλαμβάνει εργασίες αυτεπιστασίας και διαγωνισμό προμήθειας. Οφείλουμε να αναγνωρίσουμε την εργασία της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, τις προσπάθειες των Εφορειών Έβρου και Ροδόπης και το ιδιαίτερο ενδιαφέρον των προϊσταμένων τους. Το αποτέλεσμα θα είναι εξαιρετικό γιατί από το επόμενο καλοκαίρι στη Σαμοθράκη θα υπάρχει ένα πολύ σύγχρονο μουσείο. 
Ακολουθεί μία μικρή παρουσίαση των μακετών των 5 νέων αιθουσών του Αρχαιολογικού Μουσείου Σαμοθράκης από την εγκεκριμένη μουσειογραφική μελέτη. Η νέα έκθεση περιλαμβάνει μία ακόμα αίθουσα (Αίθουσα Ε, όπου εκτίθενται για πρώτη φορά αντιπροσωπευτικά ευρήματα από το προϊστορικό και ιστορικό παρελθόν του νησιού εκτός του Ιερού των Μεγάλων Θεών) και δύο νέες αρχιτεκτονικές αποκαταστάσεις (Ανάθημα Φιλίππου Γ΄ και Αλεξάνδρου Δ΄, Κτίριο Τελετουργικού Χορού), οι οποίες θα προστεθούν στις παλαιές αποκαταστάσεις της Αίθουσας Α΄. Εκτός της Αίθουσας Ε, προστίθεται και ένας νέος ημιυπαίθριος εκθεσιακός χώρος, αυτός του αιθρίου του Μουσείου, όπου θα εκτεθούν οι σημαντικότερες από τις επιγραφές που έχουν βρεθεί στο Ιερό των Μεγάλων Θεών αλλά και έξω από αυτό. Βασικός πυρήνας της έκθεσης παραμένει το Ιερό των Μεγάλων Θεών η παρουσίαση του οποίου ακολουθεί τα δύο στάδια της διαδικασίας της μύησης (Αίθουσες Γ και Δ), ενώ η παρουσίαση ευρημάτων από την αρχαία πόλη της Σαμοθράκης έχει συνδεθεί με την πορεία που ακολουθούσε ο υποψήφιος μύστης πριν την είσοδό του στο τέμενος.
